相当今更だと思いますが、最近半年ぐらいかけて「この世の果てで恋を唄う少女YU-NO」クリアしたんです、96年？のゲームです。
会社の昼休みが暇だったのでメモ程度に殴り書き。間違っている可能性大。

YU-NOは並列世界ものとして有名ですけど
何が凄いって並列世界の理論構築が完璧なこと。普通、時間を遡る概念は、三次元に(x,y,z軸）時間軸を加えることで説明できそうな気がします。しかし、この四次元軸ではタイムパラドックスが説明できず、理論的に綻びがあります。

※時間軸　過去 ------A'---------------------A------> 未来
タイムパラドックスは、その名の通り時間旅行により起こる矛盾のことです。例えば、Aが時間軸を過去方向に遡ってA'を殺したとしましょう。その時点で、時間を遡った未来方向のAは存在しないことになるし、過去方向にいるA'の存在も無くならなければなりません。

で、YU-NOは、タイムパラドックスを解決する為に第五の軸を取り入れています。
第五の軸は因果律に関する軸で、絶対に遡ることは出来ません。

※因果律軸？　原因　------B'---------------------B------> 結果
Aが時間軸を過去方向に遡ったとしても因果律軸は進んでいるという考え方です。
Aが時間軸を過去方向に遡ってA'のいる世界に行った瞬間、A'の世界はAの世界より因果律軸が進む（B' -> B）為、A'の世界とAの世界は異なる並列世界（因果率軸が異なる世界）ということになり、タイムパラドックスは起きません。
（もの凄く簡単に説明するとです、多分もっと複雑）

この考え方がYU-NOのシナリオの基礎、システムの根底にあるもので
有名な「時間は可逆であるが、歴史は不可逆である」という言葉に繋がってくると思います。（上記理論はプロローグ直後に説明されます、本当にYU-NOの基礎なんです、これが分かっていないと最後まで？？？となりかねません）

このことを踏まえた上で、並列世界の移動方法や並列世界同士の影響などがストーリーに絡んでくるわけで、その辺はゲームをプレイしてのお楽しみってことで。
（理解できてないってことじゃないんだからっ）
あ、YU-NOを逸作たらしめているシステムA.D.M.Sと「宝玉セーブ」については時間が無いので割愛します、Wikiとかみてください。